Schwabering erscheint schon in der ältesten Geschichte der Pfarrei Prutting als damalige Filiale neben Söchtenau und Straßkirchen. Für frühe Kirchen, die auf Höhenzügen gebaut wurden, ist gerne der Apostelfürst Petrus (mit Paulus) als Patron gewählt worden, so ist dies auch für Schwabering zu vermuten.
Erstmals erwähnt wird Schwabering 924 in einer Urkunde über ein Tauschgeschäft zwischen dem Salzburger Bischof Oedelbertus und einer gewissen Frau Rihini. Erst im Jahre 1919 wurde Schwabering zur Expositur und 1921 zur Pfarrei erhoben.